Afghanistan ligger i et jordskjelvutsatt område. Det var jordskjelv med et firesifret antall omkomne i såvel 1998 som 2002. Det store jordskjelvet som rammet Sentral-Asia høsten 2005 medførte noen få dødsofre i Afghanistan.
Snerike vintre medfører store flomproblemer i vårløsningen mange steder. Tørke kan være et problem i perioder med lite nedbør.